熒光抗體技術(shù)在臨床檢驗(yàn)上已用作細(xì)菌、病毒和寄生蟲的檢驗(yàn)及自身免疫病的診斷等。在細(xì)菌學(xué)檢驗(yàn)中主要用于菌種的鑒定。標(biāo)本材料可以是培養(yǎng)物、感染組織、病人分泌排泄物等。本法較其他鑒定細(xì)菌的血清學(xué)方法速度快、操作簡(jiǎn)單、敏感性高，但在細(xì)菌實(shí)驗(yàn)診斷中，一般只能作為一種補(bǔ)充手段使用，而不能代替常規(guī)診斷。熒光抗體染色法對(duì)腦膜炎奈氏菌、痢疾志賀菌、霍亂弧菌、布氏桿菌和炭疽桿菌等的實(shí)驗(yàn)診斷有較好效果。熒光間接染色法測(cè)定血清中的抗體，可用于流行病學(xué)調(diào)查和臨床回顧診斷。免疫熒光用于梅毒螺旋體抗體的檢測(cè)是梅毒特異性診斷常用方法之一。免疫熒光技術(shù)在病毒學(xué)檢驗(yàn)中有重要意義，因?yàn)槠胀ü鈱W(xué)顯微鏡看不到病毒，用熒光抗體染色法可檢出病毒及其繁殖情況。

　　在寄生蟲感染診斷中，間接熒光抗體染色法有非常廣泛的應(yīng)用。間接免疫熒光試驗(yàn)(IFAT)是當(dāng)前*的有效的檢測(cè)瘧疾抗體的方法。常用抗原為瘧疾患者血液中紅內(nèi)期裂殖體抗原。IFAT對(duì)腸外阿米巴、尤其是阿米巴肝膿腫也有很高的診斷價(jià)值，所用抗原是阿米巴培養(yǎng)物懸液或提取的可溶性抗原。

　　免疫熒光法還是檢測(cè)自身抗體的好工具，在自身免疫病的實(shí)驗(yàn)診斷中應(yīng)用廣泛。其突出優(yōu)點(diǎn)是能以簡(jiǎn)單方法同時(shí)檢測(cè)抗體和與抗體起特異反應(yīng)的組織成分，并能在同一組織中同時(shí)檢查抗不同組織成分的抗體。熒光抗體主要有抗核抗體、抗平滑肌抗體和抗線粒體抗體等。抗核抗體的檢測(cè)常采用鼠肝作核抗原，可做成冰凍切片、印片或勻漿。用組織培養(yǎng)細(xì)胞如Hep-2細(xì)胞或Hela細(xì)胞涂片還可檢出抗著絲點(diǎn)抗體、抗中性粒細(xì)胞漿抗體等。應(yīng)用免疫熒光技術(shù)可以檢出的其他自身抗體有抗(胃)壁細(xì)胞抗體、抗雙鏈DNA抗體、抗甲狀腺球蛋白抗體、抗甲狀腺微粒體抗體、抗骨髓肌抗體及抗腎上腺抗體等。

　　熒光抗體技術(shù)的一種特殊應(yīng)用是流式細(xì)胞分析。在這種分析方法中檢測(cè)儀器不是熒光顯微鏡，檢測(cè)對(duì)象不是固定了的標(biāo)本，而是將游離細(xì)胞作熒光抗體特異染色后，在特殊設(shè)計(jì)的儀器中通過(guò)噴嘴逐個(gè)流出，經(jīng)單色激光照射發(fā)出的熒光信號(hào)由熒光檢測(cè)計(jì)檢測(cè)，并自動(dòng)處理各處數(shù)據(jù)。這種方法可用于檢測(cè)細(xì)胞大小、折散率、粘滯度等，更常用于T細(xì)胞亞群等的檢測(cè)。